论文查重软件的算法原理是通过将待检测文本与已知文本进行比对，计算两者之间的相似度来判断文本的重复程度。常见的算法包括字符串匹配算法、哈希算法、向量空间模型算法等。其中，字符串匹配算法是最简单的算法，通过比对两个文本的每一个字符是否一致来计算相似度。哈希算法将文本转化为哈希值进行比对，可以有效提高比对速度。向量空间模型算法则是将文本转化为向量进行比对，可以更准确地判断文本的相似度。

使用论文查重软件可以有效避免论文抄袭问题，但也需要注意软件的准确性和误判率。此外，还需要注意保护个人隐私和版权问题。