论文查重软件算法原理是通过对比两篇文章的相似度来判断是否存在抄袭行为。常用的算法有字符串匹配算法、哈希算法、SimHash算法、Winnowing算法等。其中SimHash算法是一种基于哈希的快速查重算法，通过将文章映射为一个二进制向量，然后计算向量之间的汉明距离来判断文章相似度。Winnowing算法则是一种基于窗口滑动的查重算法，通过滑动窗口选取文章中的固定长度的子串，然后对子串进行哈希计算，最后选取哈希值最小的子串作为文章的指纹，来进行查重。

除了以上提到的算法，还有一些基于机器学习的查重算法，如基于词向量的算法、基于深度学习的算法等。这些算法可以通过对大量已知的文本进行学习，来判断新的文本是否存在抄袭行为。不同的算法有不同的优缺点，具体使用哪种算法需要根据具体情况来决定。但无论使用哪种算法，都需要注意算法的准确性和效率，以保证查重的可靠性和速度。