知网查重后删除红色标记的原因主要是为了保护原创性，避免抄袭问题。知网查重系统会将文档中与其他来源相似度较高的部分标记为红色，用户需要对这些部分进行修改或删除，以确保文档的原创性和合法性。删除红色标记可以有效提高文档通过查重的概率，避免被认定为抄袭。同时，删除红色标记也有利于提升文档的质量和可信度，符合学术和版权要求。

另外，知网查重后删除红色标记还可以避免引起不必要的纠纷和版权问题。红色标记的存在可能会让人产生误解，认为文档存在抄袭或侵权行为，影响文档的使用和传播。因此，及时删除红色标记可以消除这种误解，保护文档作者的合法权益。此外，删除红色标记也是对学术诚信和版权保护的体现，体现了作者对学术规范和道德标准的尊重和遵守。